Ինչպե՞ս են կոնտակտները հավաքվում փայտամածների մեջ:

2024 Հեղինակ: Miles Stephen | [email protected]. Վերջին փոփոխված: 2023-12-15 23:37

Գենոմի նախագիծ ստեղծելիս ԴՆԹ-ի անհատական ընթերցումները առաջինն են հավաքվել են կոնտեգների մեջ , որոնք իրենց բնույթով ժողով , նրանց միջև կան բացեր: Հաջորդ քայլն է դեպի այնուհետև կամրջեք դրանց միջև եղած բացերը շարունակում է ստեղծել փայտամած . Դա կարելի է անել կամ օպտիկական քարտեզագրման կամ mate-pair հաջորդականության միջոցով:

Նմանապես, դուք կարող եք հարցնել, թե որո՞նք են կապանքները և փայտամածները:

Ա փայտամած գենոմի հաջորդականության մի մասն է, որը վերակառուցվել է վերջնական հաջորդականությամբ ամբողջական գենոմի որսորդական հրացանների կլոններից: Լաստամներ կազմված են contigs և բացերը: Ա կոնտիգ գենոմային հաջորդականության հարակից երկարություն է, որում հիմքերի կարգը հայտնի է բարձր վստահության մակարդակով: Որոշ դեպքերում, փայտամածներ կարող է համընկնել:

Նաև ի՞նչ է կոնտիգսը կենսաինֆորմատիկայի մեջ: Ա կոնտիգ (հարակից) ԴՆԹ-ի համընկնող հատվածների մի շարք է, որոնք միասին ներկայացնում են ԴՆԹ-ի կոնսենսուսային շրջանը: Contigs Այսպիսով, կարող է վերաբերել և՛ համընկնող ԴՆԹ-ի հաջորդականությանը, և՛ համընկնող ֆիզիկական հատվածներին (բեկորներին), որոնք պարունակվում են կլոններում՝ կախված համատեքստից:

Այս առումով ինչպե՞ս են հավաքվում կոնտիգները:

ԴՆԹ-ի բեկորների համընկնող ԴՆԹ-ի հաջորդականության բազմությունը հայտնի է որպես ա կոնտիգ . Շարունակել Քարտեզագրումը գործընթաց է, որով համընկնում են կլոնները հավաքված այդ համընկնումը հաջորդականացնելու համար: Սա ներառում է կազմակերպում contigs ըստ կարգի և կողմնորոշման. Կլոն contigs կարող է ավտոմատ կերպով հավաքված օգտագործելով իրենց BAC վերջի հաջորդականությունները:

Ինչու՞ են կարևոր կոնտակտները:

Շարունակել ժողովը ան կարևոր քայլ գենոմի հավաքման մեջ: Քարտեզագրման համար համընկնող կլոնները հավաքվում են այդ համընկնման հաջորդականության համար: Յուրաքանչյուր բեկոր կլոնավորվում է վեկտորի մեջ և հաջորդականացվում է երկու ծայրերից, որպեսզի ստացվի մոտավորապես 600-700 bp հաջորդականության երկարություն: ԴՆԹ-ի հատվածի երկու ծայրերից հաջորդականությունը կոչվում է զույգ ծայր: